RNA结合蛋白测序 | RNA调控机制分析

RNA结合蛋白(RNA Binding Protein),简称“RBP”,是一类伴随RNA的调控代谢过程,与RNA结合的蛋白质的总称。 RBP伴随RNA生命始终,可以不夸张的说:没有RBP,RNA寸步难行。其主要作用是介导RNA的成熟、转运、定位和翻译;一个RBP可能存在多种靶标RNA;且其表达缺陷会造成多种疾病。 RNA与结合蛋白相互作用信息可以提供RNA功能调控的线索。

RNA结合蛋白测序的优势

  • 测范围广:全基因组范围的RNA蛋白结合位点鉴定分析;
  • 高性价比:基于抗体富集目标区域,有效降低测序数据量;
  • 提供从实验设计,样品制备,测序,数据挖掘,到科学问题解析的整体方案 提供给客户专业的结题报告:
  • 将结合相关领域的现有研究成果,解析相关功能作用或分子机制我们的优势

科学方案设计

测序方案设计

RIP-Seq测序

RIP-Seq(RNA Immunoprecipitation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。 RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同(如复合物不需要固定,RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶,抗体需经RIP实验验证等等)。

CLIP-Seq测序

CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。

实验流程对比

主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收其中的RNA片段,经添加接头、RT-PCR等步骤,对这些分子进行高通量测序,再经生物信息学的分析和处理、总结,挖掘出其特定规律,从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。依据处理环节的稍微差别,CLIP-Seq目前有不同变体形式,例如 PAR-CLIP和HIT-CLIP。

测序工作流程

  • 1
    制备您的文库
  • 2
    高效测序
  • 3
    分析和存储数据

我们的优势

拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。
拥有Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多种高通量测序平台。
技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
拥有专业的生物信息团队和超算服务器,可为合作伙伴提供全面生物信息分析服务与技术支持。
  • illumina 二代测序平台
  • PacBio单分子三代测序仪
  • nanopore纳米孔测序仪
  • Bionano单分子测序平台-Lrys系统

高性能节点服务器 | 分析无忧

基于Dell,超威等国际知名服务器供应商的支持,运用高性能刀片节点高密度计算性能,总计提供20000+核心算力,保证24x7连续生产力安全稳定。

Nvme SSD硬盘 | 让分析速度飞起来

基于Nvme SSD固态硬盘加速器,可以淋漓尽致发挥出网络计算的魅力,让你的任务计算飞起来!

高通量 | 高速率 | 无阻塞网络集群

高通量测序数据日益加大,呈指数型积累上升,必须交由高速网络提速分析。

基于以色列Infiniband技术,惠研云构建优化了集群计算性能,使得计算IO提升300%,持续数据交互速率提高到2T总带宽,保证集群中任务与数据0延迟,无阻塞。