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惠研生物(BioGenius)可完成实验室项目管理系统的部署,凭借硬件软件集成方式可完成从基因组高通量测序到数据集成可视化系统的实施,构建实验室所需要的物种基因组数据库与基因组浏览器系统,真正提高实验室和 科研机构的研发进程,方便基因组信息查询使用。

本公司管理系统主要针对在本公司完成高通量测序或在第三方测序产生的测序数据提供高密集存储,数据可视化,以及生物信息数据的深度挖掘与组合利用,为实验室或研究机构客户搭建和实施有针对性的本地化实验室局域网络平台,提高研发客户对高通量测序研究应用的利用程度。

通过简易直观的可视化展示帮助客户观测基因组,转录组内的系统变化的规律;数据库系统平台将实时更新最新基因组版本内的不同分组数据信息; 从测序数据到实验验证设计环节,该系统将协助客户提供包括特异区段引物,突变位点验证实验的设计方案。该系统适用于基因组学,转录组学,表观遗传学(DNA 甲基化, 组蛋白修饰,免疫共沉淀测序 ChIP┯eq),群体遗传学等领域的高通量测序以及其他基因组研究的信息挖掘与应用。另外,实验室项目跟踪管理系统部署也可与基因组数据库信息系统对接,完成项目到结果的整套信息流跟踪,提高科研应用单位进程和效率。


Fig 1.基因组-高通量测序数据综合可视化平台


本产品特点

(1) 构建个性化定制的基因组数据库与基因组浏览器,通过整合NCBI,UCSC, Ensemble, EBI 等一级基因组数据库资源,涵盖所有物种基因组和基因,蛋白注释信息资源;

(2)构建个性化定制的基因组数据库和浏览器,整合众多二级数据库资源,包括代谢通路,信号通路,蛋白相互作用,转录调控网络。

(3)个性化增加实验组提交的高通量测序数据,兼容其他类型测序数据;测序数据兼容各测序平台产品产生的结果以及分析结果;兼容本公司提供分析产生的数据分析格式;兼容的测序仪器产品包括: Solexa, illumina GAII, illumina HiSeq2000; SOLID, Roche 454 等公司

(4)实验项目管理系统:以项目为管理对象,对接数据库信息系统,完成项目到结果的整套信息管理

(5)系统平台应用对象

(a) 针对基因组学(Genomics)中的遗传突变(SNP)以及其他标记(SRR, STS),结构变异(SNV),拷贝数变异 (CNV),基因组重排,重复片段特征标记提供个性化实验数据的高密集数据存储,查询和深度信息挖掘分析

(b) 针对转录组学中的基因,异构体的表达峰度,转录区域的表达量,可变剪接形式(包括5' UTR, 3' UTR,可变外显子区域)等特征进行可视化展示和查询

(c) 针对表观遗传学中标记位点,展示其动态性;针对组蛋白修饰模式,个性化展示基因组范围内组蛋白修饰情况

(d) 针对多组学测序数据的联合的信息展示与关联性,可将个性化提交的实验组数据同时进行转录水平,遗传水平,和表观水平的联合展示分析


Fig 2. 高级深度基因组信息数据挖掘可视化

Fig 3. 数据库包括的物种,需要具体部署前定制