蛋白质定量作为后基因组时代的一个非常重要的领域，在生物系统及疾病和医疗领域起到了非常重要的作用。研究和分析差异蛋白则在阐明医药分子、药物靶标筛选及发现和验证蛋白生物标记物等领域起到了重要的一环。除了传统的2D-PAGE鉴定差异蛋白以外，近些年来，质谱技术已经日新月异，成为了蛋白相对和绝对定量的关键手段。其中研究蛋白相对和绝对定量的常用质谱分析技术是同位素标记，包括如SILAC、LIT及较新的技术iTRAQ等。近些年来，另外一种技术是—蛋白质非标记标记技术（Label free）越来越受到关注，它克服了传统的同位素标记的缺点，即过高的样品浓度, 复杂的实验方案及价格过高的原料等，该方法具有速度更快，更简洁及更简明的结果等优点，大有取代同位素标记技术。
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| 同位素标记 | 非同位素标记 |
| 样本标记同位素 | 样本非标记 |
| 样本量限制，ICAT(2),iTRAQ(8) | 样本无限制 |
| 在大样本过程中，难于跟踪蛋白丰度 | 易跟踪蛋白风度 |
| 多数肽段难于识别 | 能够识别大多数肽段 |
| 难于识别和定量低丰度 | 能够鉴别低丰度肽段 |
| 需提前进行二级质谱蛋白鉴定 | 可以鉴定差异后再进行二级质谱蛋白鉴定 |
| 实验重现性高 | 实验重现性低 |
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