SILAC(Stable-Isotope Labelling by Amino acids in Cell culture)技术,相对于iTRAQ技术,是较早运用到定量蛋白质组学的一种方法。它是通过细胞的寄代培养,将稳定的同位素通过细胞自身的代谢逐渐标记到生物体内,即用含轻、中或重型同位素标记的必需氨基酸(主要是Lys和Arg)培养基培养多组细胞,标记细胞内新合成的蛋白质,一般培养5-6代,细胞中的蛋白质将都被同位素标记。比如A组和B组,A组是在包含正常氨基酸(light)的培养基中,B组的培养基则含有“重型(heavy)”的氨基酸,即稳定同位素标记的氨基酸。
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与体外标记技术相比,SILAC优势
同位素标记 | 非同位素标记 |
样本标记同位素 | 样本非标记 |
样本量限制,ICAT(2),iTRAQ(8) | 样本无限制 |
在大样本过程中,难于跟踪蛋白丰度 | 易跟踪蛋白风度 |
多数肽段难于识别 | 能够识别大多数肽段 |
难于识别和定量低丰度 | 能够鉴别低丰度肽段 |
需提前进行二级质谱蛋白鉴定 | 可以鉴定差异后再进行二级质谱蛋白鉴定 |
实验重现性高 | 实验重现性低 |
高通量测序数据日益加大,呈指数型积累上升,必须交由高速网络提速分析。
基于以色列Infiniband技术,惠研云构建优化了集群计算性能,使得计算IO提升300%,持续数据交互速率提高到2T总带宽,保证集群中任务与数据0延迟,无阻塞。