DNA甲基化芯片 | 基因活性调控研究

DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一。随着对甲基化研究的不断深入,各种各样甲基化检测方法应运而生。其中,MeDIP-chip (MeDIP: Methylated DNA Immunoprecipitation) 是目前高通量分析基因组DNA甲基化变化的一种准确可靠的实验技术,运用该技术,可以检测全基因组范围内的甲基化位点;研究启动子甲基化对基因的调控;比较不同组织、细胞、肿瘤等的甲基化图谱以及寻找诊断和预后的分子标志物。

技术优势

  • 一站式服务:客户只需要提供保存完好的组织或细胞标本,Aksomics的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作和数据分析流程,并提供完整的实验报告。
  • MeDIP富集效果特异性佳:MeDIP是获得准确测序数据的关键。Aksomics MeDIP平台经过不断地优化,抗体富集效率高和特异性好。
  • 严格的质控体系:Aksomics在MeDIP-chip每个关键步骤都加入了质控实验。这些QC数据能够评估每个步骤的实验质量。如果达不到标准,我们会重复实验步骤或者优化实验体系,使得每个样品都能够达到质控标准

科学方案设计

  • 850K全基因组芯片
  • Refseq启动子芯片
  • ncRNA启动子芯片
  • 4x180K 启动子芯片
  • 癌症相关甲基化芯片
  • 4 x 180K DMR芯片

实验流程

  • 1. 超声打断基因组:
    将基因组DNA超声打断成400bp-500bp DNA片段
  • 2. 甲基化DNA免疫共沉淀:
  • 3. MeDIP与Input DNA片段线性扩增:
    使用Sigma WGA Kit对上述两份DNA片段(MeDIP与Input)进行扩增。该步骤使检测的灵 敏度得到大幅度提升,用微量的检测样品就能得到精确的检测结果
  • 4. 荧光标记:
    对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记
  • 5. 芯片杂交:
    标记后的MeDIP与Input样品混合、变性,与甲基化微阵列检测芯片杂交
  • 6. 图像采集和数据分析:
    用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号;用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告
  • 7. 提供实验报告包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表:
    • ● Scanning Image:Cy3、Cy5荧光扫描图像
    • ● Raw Data:包括每个探针的荧光信号强度原始数据
    • ● Probe Report:经过校正得到每个探针的log2(MeDIP/input)值以及p-value值
    • ●log2 (MeDIP/input)值代表每个探针在MeDIP DNA和input DNA中的相对富集强度, P-Value表示探针红绿信号差异是由非生物因素造成的概率;P-Value越低,表示该探针越有可能代表一个甲基化事件,P-Value由修正的KS检验算法计算
    • ● Peaks Report:Peaks代表可能的DNA甲基化区域,由专业商用软件计算,报告包括可能的Peaks的染色体定位信息以及Peaks周围的基因和CpG岛的相关信息
    • ● Summary Report:提供多样本之间Peaks区域的比较以及汇总以提供参考
  • 8. Differential Enrichment Peaks(Advanced Analysis):
    Differential Enrichment Peaks(DEP)利用重复组中多样本log2ratio的平均值分析组间差异甲基化区域,从而使得用重复样本实验数据进行甲基化结果的比较及差异甲基化区域的鉴定成为可能,这对于后续实验及分析是非常重要的。

测序工作流程

  • 1
    制备您的文库
  • 2
    高效测序
  • 3
    分析和存储数据

我们的优势

拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。
拥有Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多种高通量测序平台。
技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
拥有专业的生物信息团队和超算服务器,可为合作伙伴提供全面生物信息分析服务与技术支持。
  • illumina 二代测序平台
  • PacBio单分子三代测序仪
  • nanopore纳米孔测序仪
  • Bionano单分子测序平台-Lrys系统

高性能节点服务器 | 分析无忧

基于Dell,超威等国际知名服务器供应商的支持,运用高性能刀片节点高密度计算性能,总计提供20000+核心算力,保证24x7连续生产力安全稳定。

Nvme SSD硬盘 | 让分析速度飞起来

基于Nvme SSD固态硬盘加速器,可以淋漓尽致发挥出网络计算的魅力,让你的任务计算飞起来!

高通量 | 高速率 | 无阻塞网络集群

高通量测序数据日益加大,呈指数型积累上升,必须交由高速网络提速分析。

基于以色列Infiniband技术,惠研云构建优化了集群计算性能,使得计算IO提升300%,持续数据交互速率提高到2T总带宽,保证集群中任务与数据0延迟,无阻塞。