iTRAQ（isobaric tags for relative and absolute quantitation）技术是一种多肽体外标记技术。该技术采用4-plex或8-plex同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，进行LC-MS/MS分析，可同时比较多种不同样本中蛋白质的相对表达含量。TMT技术是一种多肽体外标记的方法，采用2-plex、6-plex或10-plex同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，然后进行串联质谱分析，可同时比较2组、6组或10组不同样品中蛋白质的相对含量。
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| 同位素标记 | 非同位素标记 |
| 样本标记同位素 | 样本非标记 |
| 样本量限制，ICAT(2),iTRAQ(8) | 样本无限制 |
| 在大样本过程中，难于跟踪蛋白丰度 | 易跟踪蛋白风度 |
| 多数肽段难于识别 | 能够识别大多数肽段 |
| 难于识别和定量低丰度 | 能够鉴别低丰度肽段 |
| 需提前进行二级质谱蛋白鉴定 | 可以鉴定差异后再进行二级质谱蛋白鉴定 |
| 实验重现性高 | 实验重现性低 |
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