扩增子测序 | 性价比超高的基因组测序方案

扩增子测序是一种高靶向性方法,用于分析特定基因组区域中的基因变异。PCR产品(扩增子)的超深度测序可让您有效地识别变异并对其进行特征分析。Illumina的扩增子技术使用一对寡核苷酸探针,该探针专门用来靶向和捕获目标区域(NGS),然后进行新一代测序(NGS)

扩增子测序的优势

  • 扩增子测序方法可让研究人员一次对16–1536个靶点进行测序,每个靶点分布区段150 bp–1.5 kb,具体数量视使用的文库制备方法而定。这种高度覆盖的方法可通过同时评估多个基因推动研究发展,所需的成本差不多与单个基因实验分析方法相同。DNA文库可在6.5小时内完成制备,并在5–56个小时内完成测序。
  • 扩增子测序支持各种各样的应用,可用于探索、验证或筛查基因变异。
在多种应用中识别变异
实现编码区域的全面覆盖
提供了一种经济的全基因组测序替代方法(每个外显子组只需检测4–5 Gb数据,而每个人类全基因组需检测约90 Gb数据) 与全基因组测序相比,数据集更小、更易于管理,可以更快、更容易地进行分析

高靶向的多重分析

与范围更广的方法相比,如全基因组测序,靶向测序是一种更加经济高效的方法,可研究感兴趣的区域。靶向重测序让研究人员能够将重点放在那些最有可能参与所研究的表型的区域,从而节省资源,并生成更小、更容易管理的数据集。靶向方法还能带来更高的覆盖度水平,从而鉴定那些稀有变异或对全基因组或桑格测序来说太过昂贵的变异。

扩增子测序方法可让研究人员一次对16–1536个靶点进行测序,每个靶点分布区段150 bp–1.5 kb,具体数量视使用的文库制备方法而定。这种高度覆盖的方法可通过同时评估多个基因推动研究发展,所需的成本差不多与单个基因实验分析方法相同。DNA文库可在6.5小时内完成制备,并在5–56个小时内完成测序。

扩增子测序支持各种各样的应用,可用于探索、验证或筛查基因变异。

推荐的全外显子测序工作流程

  • 1
    制备您的文库
  • 2
    高效测序
  • 3
    分析和存储数据

科学方案设计

  • 癌症研究
    靶向癌症测序侧重于一组精选的基因、基因区域或扩增子,它们与癌症有着已知的关联。预先设计的集合和定制集合都可用于研究目标靶向基因。
  • 疾病筛查
    使用NGS可通过同时评估多个基因来发现遗传病的致病变异。与传统方法相比,使用NGS可降低成本,因为传统方法通常成本较高且不确定,同时需要大量测试。
  • 16S rRNA测序
    16S核糖体RNA(rRNA)测序是一种常用的扩增子测序方法,用于识别和比较特定样本中存在的细菌。基于NGS的16S rRNA测序可识别使用其他方法无法发现的菌株

肿瘤学研究方案设计

关注重点的癌基因

靶向癌症测序关注一组精选的基因、基因区域或扩增子,它们与癌症存在已知的关联。您可以使用包含癌症相关基因的固定基因集合,也可以根据感兴趣的基因设计定制集合。

新一代测序(NGS)实现了多个基因和样品的大规模平行测序。与传统的毛细管电泳相比,这种高通量的方法无论在可扩展性、速度及分辨率增加上都具有明显的优势。利用有目标的重要基因集合开展靶向癌症测序,您可以降低成本,并更快完成研究。

定制靶向测序集合

重点内容带来了经济实惠的测序。有了适用于靶向癌症测序的定制集合,研究人员能够在单个集合中测序数百个感兴趣的基因组区域。基因内容可根据研究目标完全定制。定制检测与各种样本类型兼容, 包括FFPE肿瘤。
关注感兴趣的区域,生成更小、更容易管理的数据集
降低测序成本和数据分析的负担
与范围更广的方法相比加快了周转时间
以高覆盖度水平实现了深度测序,适合稀有变异的鉴定

单基因遗传疾病研究方案设计

生殖和遗传健康

NGS为基础的解决方案在生殖和医疗保健方面从多个方面促进人们作出明智的选择。这会促使对提升IVF成功率、减少有创检测程序和遗传疾病筛查的更多研究——这仅仅是一切未来可能的开始。通过我们的靶向基因panel和细胞遗传学分析工具,为罕见未确诊疾病提供基因研究产品。

16S rRNA 测序方案设计

微生物研究利器-16s rRNA测序

16S核糖体RNA (rRNA) 测序是一种常用的扩增子测序方法,用于鉴定和比较特定样品中存在的细菌。16S rRNA基因测序作为一种成熟的方法,适用于研究复杂微生物组或环境中样品的系统发育和分类,而这些研究之前很难或无法开展。16S研究的数据可改善分类指定的灵敏度和特异性,使其下降到物种的水平。

16S rRNA测序的优势

与毛细管电泳测序或PCR方法不同,新一代测序 (NGS) 是一种无须培养的方法,可实现样品中整个微生物种群的分析,包括鉴定那些利用其他方法未发现的物种。通过在一个测序运行中集合多个样品的能力,微生物学研究人员能够经济高效地开展基于NGS的16S rRNA测序,以鉴定那些利用其他方法未发现的菌株。

植物和动物测序方案设计

基于测序的基因分型

基于测序的基因分型(GBS), 或新一代基因分型(NGG),为发现新的植物和动物SNP和开展基因分型研究提供了一种低成本的遗传筛查方法,往往在多个标本中同时开展。有了这个低成本的常规筛查工具,研究人员可加速育种实践中的投资回报。这种方法的应用包括遗传作图,筛查回交系,纯度检测,构建单体型图谱,以及开展植物农业基因组学研究的关联和基因组选择。

识别基因变异

预设的基因组区域靶向重测序可以发现动物和植物中的基因变异。这些变异可能代表了有益的突变,可以帮助做出育种决策,还可能揭示与疾病易感性相关的突变。

我们的优势

拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。
拥有Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多种高通量测序平台。
技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
拥有专业的生物信息团队和超算服务器,可为合作伙伴提供全面生物信息分析服务与技术支持。
  • illumina 二代测序平台
  • PacBio单分子三代测序仪
  • nanopore纳米孔测序仪
  • Bionano单分子测序平台-Lrys系统

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高通量 | 高速率 | 无阻塞网络集群

高通量测序数据日益加大,呈指数型积累上升,必须交由高速网络提速分析。

基于以色列Infiniband技术,惠研云构建优化了集群计算性能,使得计算IO提升300%,持续数据交互速率提高到2T总带宽,保证集群中任务与数据0延迟,无阻塞。