肿瘤基因组研究

肿瘤研究通常具有2种不同的研究角度：（1）肿瘤遗传性与易感性位点的研究，（2）肿瘤复发转移与预后相关的体细胞突变研究。

肿瘤生殖系突变与遗传性肿瘤研究

如果从肿瘤的易感性角度或遗传性角度研究，通常只是生殖系水平变异（germ-line variants）引发。易感性位点通常是指germ-line水平的变异导致人群体水平上对环境和基因组结构遗传性改变所引发复杂性疾病（如肿瘤）概率风险增大；群体遗传学通常采用全基因组关联分析研究识别肿瘤易感性位点；对于家族性遗传性肿瘤，通常采取这样的研究策略，首先选择家族内肿瘤发病者与正常家族内成员（作为对照），分别基因组/外显子组测序获得各自变异体（variants）。其中，肿瘤患者分别对肿瘤组织和外周血进行测序，正常对照对外周血进行测序；肿瘤组织与外周血或者对照癌旁组织（均当做Control）比较识别体细胞变异（Somatic Mutation）；这些Somatic Muatation 在病人与正常人的外周血variants比较筛选差异的variants过程中被过滤去除（因为这些 variants是somatic 水平的，而非germ-line水平的variats）。最终筛选获得的germline 生殖系变异进一步经过多家系对比研究和验证得到确认是否是遗传性肿瘤的易感性位点。生殖系变异信息同样可以提供重要的有关肿瘤易感性（cancer susceptibility）和药物代谢有关的信息。对于GWAS全基因组关联分析策略研究肿瘤基因组的案例方法，请参见GWAS解决方案。

案例分析

对于XX复杂疾病易感性位点的研究课题，BioGenius采用全基因组/外显子组测序+GWAS关联分析技术结合的技术路线设计 

肿瘤体细胞突变与肿瘤发生转移复发因素的关系

如果研究肿瘤是从体细胞突变角度入手，对于肿瘤患者，可以进行全基因组测序或SNP基因芯片技术的检测发现体内肿瘤DNA与生殖系DNA之间的差异（即Somatic mutation）。体细胞突变（somatic mutation）是只存在与肿瘤细胞的变异，往往与肿瘤发生，转移与复发事件密切相关，与肿瘤进化，肿瘤抗药性与预后效果（好坏）有直接的分子学上的关联。 通过这种大量同类肿瘤样本的肿瘤-癌旁对比分析可以寻找到高频率发生的体细胞突变基因和位点图谱，突变图谱的构建和认识发现对于筛选抗癌药物的作用靶点，个性化抗癌治疗提供了非常重要的信息线索。