检测DNA甲基化的方法有很多种,在众多方法中,研究人员常常会使用到一项技术,那就是亚硫酸氢盐转化。DNA的亚硫酸氢盐处理将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变。随后用测序、定量PCR和芯片等分析来比较处理和未处理DNA的序列,就能确定哪些碱基是甲基化的。
重亚硫酸盐(HSO3-)可将未甲基化C转换为U,但不能将甲基化C转变为T。DNA测序技术在重亚硫酸盐处理样本前后对DNA基因组进行测序,经前后序列比对可判别甲基化状态