全基因组亚硫酸氢盐测序

DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息，获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据，对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。我们以新一代高通量测序平台为基础，结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术，进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析，必将在表观基因组学研究中具有里程碑式的意义，并为细胞分化、组织发育等基础机制研究，以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。

RRBS甲基化测序

检测DNA甲基化的方法有很多种，在众多方法中，研究人员常常会使用到一项技术，那就是亚硫酸氢盐转化。DNA的亚硫酸氢盐处理将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变。随后用测序、定量PCR和芯片等分析来比较处理和未处理DNA的序列，就能确定哪些碱基是甲基化的。

重亚硫酸盐（HSO3-）可将未甲基化C转换为U，但不能将甲基化C转变为T。DNA测序技术在重亚硫酸盐处理样本前后对DNA基因组进行测序，经前后序列比对可判别甲基化状态

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表观组测序-MeDIP甲基化测序

Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing（MeDIP-Seq）通过使用5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段，将基因组中的DNA甲基化区域富集后进行高通量测序。以较小的数据量，快速、高效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织、样本间的DNA甲基化修饰模式的差异，可广泛用于大样本量的疾病研究和分子育种研究

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免疫共沉淀测序 ChIP-Seq

染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。

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DNA甲基化芯片

扩增子测序是一种高靶向性方法，用于分析特定基因组区域中的基因变异。PCR产品（扩增子）的超深度测序可让您有效地识别变异并对其进行特征分析。Illumina的扩增子技术使用一对寡核苷酸探针，该探针专门用来靶向和捕获目标区域(NGS)，然后进行新一代测序(NGS)。

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三维基因组测序

Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformation Capture, 3C）技术，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用，建立基因组折叠模型，还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等，并可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析，从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。

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