DNA RRBS甲基化测序| 高性价比研究方案

检测DNA甲基化的方法有很多种,在众多方法中,研究人员常常会使用到一项技术,那就是亚硫酸氢盐转化。DNA的亚硫酸氢盐处理将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变。随后用测序、定量PCR和芯片等分析来比较处理和未处理DNA的序列,就能确定哪些碱基是甲基化的。

RRBS 测序的优势

检测精度高:单碱基分辨率,精确分析每一个C碱基的甲基化状态;

效率高,耗时少:借助新一代高通量测序平台,对全基因组5mC信息进行高效扫描;

性价比高:相对于传统PCR+Sanger测序方法,费用少。

采用EZ DNA Methylattion-Gold kit进行Bisulfite处理,转化率高达99%

科学方案设计

实验流程

重亚硫酸盐转换原理

检测DNA甲基化的方法有很多种,在众多方法中,研究人员常常会使用到一项技术,那就是亚硫酸氢盐转化。DNA的亚硫酸氢盐处理将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变。随后用测序、定量PCR和芯片等分析来比较处理和未处理DNA的序列,就能确定哪些碱基是甲基化的。

重亚硫酸盐(HSO3-)可将未甲基化C转换为U,但不能将甲基化C转变为T。

DNA测序技术在重亚硫酸盐处理样本前后对DNA基因组进行测序,经前后序列比对可判别甲基化状态。

采用EZ DNA Methylattion-Gold kit进行Bisulfite处理

EZ DNA Methylation-Gold Kit是EZ DNA Methylation Kit的改进版。EZ DNA Methylation-Gold Kit将DNA变性过程和亚硫酸氢盐转化过程合成一步,使整个过程更快,可在3小时内完成。此步骤采用温度变性来取代之前方案中使用氢氧化钠的化学变性过程。转化之后,试剂盒可回收75%以上的DNA。

试剂盒的设计可以减少模板降解和纯化过程中的DNA损失,并且完全转化未甲基化的胞嘧啶,转化效率在99%以上。回收的DNA对于PCR扩增、限制性内切酶消化、测序、芯片等下游分析是很理想的。

若你的样品量很少,Zymo还提供了另外一个好选择——EZ DNA Methylation-Direct Kit。它能够彻底转化来自血液、组织、细胞、FFPE和LCM样品中的DNA,而事先无需纯化。这款试剂盒的灵敏度更高,即使10个细胞或50 pg DNA也能对付,DNA回收率在80%以上。与EZ DNA Methylation-Gold Kit一样,DNA变性和亚硫酸氢盐转化是一步完成的。

测序工作流程

  • 1
    制备您的文库
  • 2
    高效测序
  • 3
    分析和存储数据

我们的优势

拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。
拥有Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多种高通量测序平台。
技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
拥有专业的生物信息团队和超算服务器,可为合作伙伴提供全面生物信息分析服务与技术支持。
  • illumina 二代测序平台
  • PacBio单分子三代测序仪
  • nanopore纳米孔测序仪
  • Bionano单分子测序平台-Lrys系统

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